Отношения по предоставлению займа являются гражданско-правовыми и регулируются Гражданским кодексом РФ. Тот факт, что физическое лицо — заемщик одновременно является учредителем организации, обусловливает некоторые особенности заключенного договора (например, более выгодные условия для заемщика), однако не меняет сути отношений сторон. При этом гражданским законодательством (гл. 42 ГК РФ) не запрещены взаимоотношения по выдаче (получению) займа между физическим и юридическим лицами, в том числе, когда физическое лицо является учредителем юридического лица.
Следует иметь в виду, что если учредителю предоставлен беспроцентный заем или если ставка по договору займа составит величину, меньшую 2/3 действующей ставки рефинансирования, установленной Банком России на дату фактического получения налогоплательщиком дохода, то налоговый агент (организация) должен определить налоговую базу при получении физическим лицом дохода в виде материальной выгоды, полученной от экономии на процентах при получении заемных средств, исчислить, удержать и перечислить в бюджет НДФЛ в порядке, установленном НК РФ (п. 2 ст. 212 Налогового кодекса РФ).
Кроме того, особенность договора займа, заключенного между организацией и ее учредителем, заключается в том, что организация и физическое (учредитель) лицо в соответствии с нормами Налогового кодекса РФ могут быть признаны взаимозависимыми лицами. В п. 2 ст. 105.1 НК РФ указан перечень условий, при которых лица признаются взаимозависимыми. Так, физическое лицо и организация признаются взаимозависимыми лицами, если такое физическое лицо прямо и (или) косвенно участвует в такой организации и доля такого участия составляет более 25 процентов.
Согласно ст. 105.14 НК РФ контролируемыми сделками признаются сделки между взаимозависимыми лицами, если сумма доходов по операциям за календарный год превышает один миллиард рублей.