В заданном вопросе, к сожалению, трудно понять все нюансы ситуации.
Если речь идет о жилом доме, квартиры в котором заказчик-застройщик (инвестор) планирует продавать, то следует иметь в виду, что продажа жилых квартир не облагается НДС в соответствии со ст. 149 НК РФ. Если заказчик-застройщик (инвестор) знает о том, что после регистрации права собственности на построенные площади эти площади будут продаваться (т.е. сразу участвовать в операциях, освобождаемых от НДС), ему лучше вообще не принимать НДС к вычету на основании пп. 1 п. 2 ст. 170 НК РФ. Соответственно, в этом случае заказчик-застройщик (продавец квартир) впоследствии не должен будет ничего восстанавливать. Даже если такой порядок действий чиновники не одобрят, налоговых рисков не возникнет.
Подрядчики, выполняющие строительство жилых объектов, облагают свои работы налогом на добавленную стоимость в общем порядке. Иначе говоря, передача законченного объекта жилищного строительства от подрядчика к заказчику-застройщику и от заказчика к инвестору производится в обычном налоговом режиме, то есть с учетом НДС. А вот реализация жилья инвестором производится с учетом льготы, поэтому сумма налога, предъявленного инвестору заказчиком, учитывается последним в стоимости реализуемых квартир.