Подпунктом 4 п. 1 ст. 346.25 НК РФ для организаций, которые до перехода на упрощенную систему налогообложения при исчислении налога на прибыль организаций использовали метод начислений, при переходе на упрощенную систему налогообложения предусмотрено правило о том, что расходы, осуществленные организацией после перехода на упрощенную систему налогообложения, признаются расходами, вычитаемыми из налоговой базы, на дату их осуществления, если оплата таких расходов была осуществлена до перехода на упрощенную систему налогообложения, либо на дату оплаты, если оплата была осуществлена после перехода организации на упрощенную систему налогообложения.
Однако указанное правило распространяется исключительно на организации, которые до перехода на упрощенную систему налогообложения при исчислении налога на прибыль организаций использовали метод начислений.
Организации, применяющие упрощенную систему, учитывают материальные расходы (в том числе затраты на покупку сырья и материалов) сразу после оплаты (пп. 1 п. 2 ст. 346.17 НК РФ). Таким образом, на 1 января 2014 г. все условия уже были выполнены и стоимость остатков сырья и материалов нужно было отразить при определении налоговой базы за I квартал 2014 г.
Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ налогоплательщики перед переходом на УСН обязаны восстанавливать НДС с остаточной стоимости основных средств и нематериальных активов, а также со стоимости остатков сырья, материалов и товаров, имеющихся на дату перехода. Таким образом, вы должны были восстановить НДС со стоимости остатков сырья и материалов в последнем налоговом периоде, предшествующем переходу на упрощенную систему, то есть в IV квартале 2013 г.